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Les Jésuites et le Ratio studiorum
Le Collège royal de La Flèche fut le premier en France à mettre en application le plan d’études conçu par les jésuites. Ce plan, appelé le Ratio studiorum, fut esquissé en 1586, adopté par l’ordre en 1599 et publié en France en 1603, l’année ou le Collège royal fut fondé.
Le Ratio studiorum comprenait treize classes : six pour les lettres, les humanités et la rhétorique ; trois pour la philosophie et quatre pour la théologie.
Les classes de philosophie s'étendaient sur trois années et étaient consacrées, pour l’essentiel, à l’étude d’Aristote et de Thomas d’Aquin. Au cours du XVIIe siècle et de la première moitié du XVIIIe, l’enseignement des jésuites dut s’adapter à l’émergence de « la nouvelle philosophie », telle qu’elle s’esquissait surtout dans les écrits d’un ancien élève du collège, René Descartes.
L’avènement de la nouvelle science et la nouvelle conception mécaniste de la nature eurent également un impact sur l’enseignement à La Flèche. L’influence du modèle mécaniciste de la nouvelle science se fit sentir vers la fin du XVIIe siècle alors que les jésuites devinrent des cartésiens éclectiques, épousant les explications mécaniques lorsque leur supériorité théorique ne pouvait être contestée. Bien qu’amplement discutée en France, la physique de Newton n’eut une influence sur le cursus des collèges jésuites que vers 1740.